Tým, že sa GIS používajú ako nástroj na riešenie mnohých problémov, podľa Longley, Goodchild et al. (2005) vyvolávajú aj množstvo otázok. Napríklad: „Aká je presnosť abstrahovania údajov? Aké zásady a princípy sa používajú pri tvorbe máp? Do akej miery dokáže používateľ pomocou navigačných technológií presne lokalizovať, pochopiť a riešiť problémy reálneho sveta?“ Niektoré otázky sa týkajú dizajnu, ďalšie geografických údajov, pracovných metód, či softvérových aplikácií.
Pre zodpovedanie takýchto otázok v roku 1992 Michael Goodchild sformuloval novú vedecko-technickú disciplínu s názvom GIScience (geoinformačná veda). Ide o disciplínu, ktorá sa zaoberá vývojom, využívaním a aplikáciou technológie GIS. Veľmi podobný význam, ako GIScience, majú termíny geomatika a geoinformatika.